肾积水的发生本质上是肾脏尿液排出通道受阻，导致尿液在肾盂肾盏内蓄积扩张。除了已知的肾结石和肾盂肿瘤外，肾脏内部还有多种病理因素可引发这一病变：
一、先天性结构异常
肾盂输尿管连接部狭窄（UPJO）是婴幼儿肾积水常见的先天原因，因胚胎发育时该部位平滑肌组织发育不良或胶原纤维过度增生，导致管腔狭窄甚至功能性梗阻。患儿常表现为腹部囊性包块，大量饮水后因肾盂突然扩张引发腹痛，严重时可因肾实质长期受压导致肾功能衰竭。这种狭窄可单独存在，也可合并血管异位压迫，但血管因素属于肾外机制，需注意鉴别。
二、占位性病变
肾盂旁囊肿虽为良性病变，但发生于肾门肾窦附近的囊肿会因膨胀性生长直接压迫肾盂或输尿管起始部，导致尿液排出受阻。患者中年后常出现腰痛、镜下血尿，若囊肿破裂与肾盂相通还会引发肉眼血尿。与单纯性肾囊肿不同，其独特的解剖位置使其更易成为梗阻源。
肾母细胞瘤（Wilms瘤）作为儿童常见的肾脏恶性肿瘤，肿瘤组织可直接侵犯或压迫集合系统，约18%患儿会出现肉眼血尿，腹部包块是其典型表现。这种肿瘤对尿路的梗阻具有进展快、破坏力强的特点，需紧急干预以防肾功能不可逆损害。
三、炎症与感染性损伤
肾结核的晚期并发症中，结核菌可通过直接蔓延破坏肾内集合系统，形成结核性肉芽肿和瘢痕挛缩，导致肾盂输尿管连接处狭窄。虽然其典型表现为对侧肾积水，但患侧肾脏的结构破坏本身即可引发梗阻。患者常伴有低热、盗汗等全身症状，尿液中可检出结核杆菌。
肾盂肾炎急性期因黏膜充血水肿可导致暂时性梗阻，而反复感染形成的瘢痕组织则会造成狭窄。这种炎性狭窄多发生于肾盂与肾盏交界处，影像学上可见局部管腔不规则狭窄伴周围组织增厚。
