很多胃肠病都是由于肠道菌群的紊乱引起的，那么能否通过通过干扰肠道菌群来达到治疗胃肠病的效果呢？答案是肯定的，这实际上早已被我们的祖先发现和总结成了治疗的经验。其中比较典型的就是酸奶的产生，以及发酵方法的广泛应用。酸奶中富含大量益生菌，能帮助牛奶分解、转化容易引起腹泻的乳糖。这些益生菌进入肠道，还能改善肠道菌群的结构，帮助消化吸收其他食物进入肠道。人们很早就发现喝酸奶可以改善腹胀、腹泻和其他消化不良症状。
研究表明，酸奶、奶酪和其他乳制品可以降低患肠癌的风险。益生菌也可以制成药物。在仔细筛选后，培养出高含量、高纯度的益生菌，用其制作成的药物在临床上具有重要的应用价值。
近年来，一个新的概念正在悄然出现。它的名字叫做肠道菌群移植，这种方法是将所有选定的健康肠道菌群制成药物，病人可以口服或内镜下服用，然后植入病人的肠道。这种方法在临床上具有奇效。
