每当谈论起果蔬农残问题，人们习惯性地认为日本、欧洲等国家做得很好，但事实却是，日本是世界上农药使用量最高的国家，用他们的话说就是“没有农药就没有农业”。即使没有2011年东日本大地震引发的核电站泄漏事故，日本的农产品一样无法出口到欧美，因为日本农产品农药残留量是美国的5倍，远高于欧洲和美国规定的安全用量。农药残留量这么高，和日本农户种植过程中大量使用农药有关，由此引起的环境问题也日益严重。
化学农药用量超高日本的气候高温潮湿，田间容易生长杂草、繁殖害虫。在种植作物之前，日本农户会反复喷洒好几遍“土壤消毒剂”。农作物生长期间，还要不停喷洒除草剂、杀虫剂和杀菌剂。喷洒农药是日本农户种植成本中最高的一项，以前他们会租赁小型飞机喷洒农药，现在越来越多农户购买中国大疆无人机来喷洒。日本超市或者果蔬店的水果一般不按照斤卖，而是按照个卖。这些水果大小几乎一致，漂亮、整齐，同一种水果之间重量相差不超过5克。也是因为日本人在种植过程中进行了大量人工干预，除了喷洒杀虫剂外，还使用化学药品控制果子发育程度，所以果实几乎一样大、一样红、一样重。土地变“毒土壤”，农产品靠进口大量使用农作物化学制剂的后果便是，日本的环境和民众健康都受到了一定伤害。首先是日本农田土壤因常年喷洒农药，变成了“毒土壤”，现在日本农业研究的一大课题就是如何给毒土壤清毒。
其次，农药喷洒时会让大气中充满农药颗粒，在气流作用下会转移到很远的地方，或者悬浮在空中久久不能散去。加之日本高温潮湿的气候，导致农药容易挥发但不易散去，对大气造成的污染十分严重。再次，日本四面环海、内河多，且雨量充沛，大量的雨水冲刷农田后，土壤中的农药会随之流入内河和大海，污染水源。1996年，日本东北部山村就曾发生过农残污染饮用水导致的集体中毒事件。当地5个村庄居民因饮用有农药残留的山林水源，导致100多人死亡，多名孕妇流产或产下畸形儿童，教训非常惨痛。
日本人也不放心吃本国的自产蔬果，于是他们研发出五花八门的清洗蔬菜水果农药残留的专用洗涤剂，甚至细化到一种水果配一种洗涤剂的地步，这也因此成为日本的一大特色。
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