目前治疗输尿管结石的方法有ESWL、输尿管肾镜碎石术、腹腔镜及开放手术、溶石治疗和药物治疗。绝大部分输尿管结石通过ESWL和输尿管肾镜碎石术治疗均可取得满意的。微创治疗失败的患者往往需要开放手术取石。腹腔镜手术是微创的，可作为开放手术的替代方法，这两种方法也可用于ESWL和输尿管镜治疗有禁忌时，如结石位于狭窄段输尿管的近端。
关于ESWL和输尿管镜碎石两者谁更微创的争论一直存在，针对每一种方法都有反对的意见。尽管相对于输尿管镜而言，ESWL再次治疗的可能性较大，但其拥有微创、无需麻醉等优点，即使加上各种辅助治疗措施，ESWL仍然属于微创的治疗方法。
另一方面，在大多数的文献中，输尿管镜被认为是一种在麻醉下进行的能够“一步到位”的治疗方法。有多篇文献报告了输尿管镜和ESWL之间的对照研究，但是大部分的焦点都集中在远端输尿管结石上。尽管这些文献都已证实上述一些结论，但少数人仍然认为基于微创性考虑，输尿管结石的治疗还是应首选ESWL。
总而言之，判定这两种方法孰优孰劣是很困难的。对于泌尿外科医生而言，对于一位患者具体选择何种诊疗方法合适，取决于他的经验、所拥有的设备及治疗环境。
值得注意的是，只有纯尿酸结石才能通过口服溶石药物溶石，而那些含有尿酸铵或尿酸钠的结石则不行。对于X线下显示低密度影的结石，可以利用输尿管导管或双J管协助定位试行ESWL。尿酸结石在行逆行输尿管插管进行诊断及引流治疗时，如导管成功到达结石上方，可在严密观察下行碱性药物局部灌注溶石，较口服溶石药溶石速度更快。
