透视电镜检查主要看表皮疣体病变处角朊细胞体积增大、核肥大，核仁明显。棘细胞形态不一，细胞增大，核较大，有双核，核仁明显，并见核仁边聚，胞浆内线粒体大小不一，多少不等，或结构模糊，甚至消失。基质呈不同程度空泡化，一些基质内见髓样小体。胞浆内张力微丝增多，有些聚集成束。胞核内可见空泡。这些细胞的突起和微绒毛增多，核周间隙增宽，糖原脱颗粒，仅见少量粗面内质网。细胞浆内出现大量空泡，细胞间隙增宽，呈现凹空细胞外观。表皮凹空细胞的超微结构改变主要是细胞增大，核较大，核膜欠规则，易见核小体和染色质间颗粒。近浅层者核染色质凝聚，核周围胞浆中细胞器稀少，线粒体空泡化，糖原颗粒簇消失，出现空泡和形成透亮区。有的颗粒呈晶格状排列，有的则散发于核内。
透视电镜检查关键是发现人类乳头瘤病毒颗粒，人类乳头瘤病毒病毒颗粒主要位于颗粒细胞或棘细胞的胞核内，也有胞浆内者。病毒颗粒呈球状，直径40～50厘米，具有电子致密核心和衣壳，无囊膜，排列规则。发现人类乳头瘤病毒病毒颗粒即可确诊，但无发现不能排除。自1968年用电镜在细胞核内发现人类乳头瘤病毒以来，电镜在观察尖锐湿疣的形态学方面起着重要作用。电镜检出人类乳头瘤病毒颗粒的阳性率低的原因有：
①临床医师取材小。
②人类乳头瘤病毒在细胞内外处于不同的阶段，在没有复制完全以前，电镜下不易发现病毒的前体物质。由于价格昂贵，阳性率低，目前只用于实验研究。
