HPV及相关疾病的治疗方法较多，包括物理治疗、化学药物治疗、生物学治疗、手术治疗及中医药治疗等多种治疗手段，但目前为止没有一种方法是完美的，临床实践中需要在综合治疗和个体化治疗之间找到一个很好的平衡。
一、物理治疗
物理治疗既有一定的杀灭病毒作用，又可破坏HPV感染的组织和赖以生存的环境条件，加速病毒的清除。目前常用的方法有：冷冻治疗、热疗、激光治疗、微波治疗、光动力治疗(PDT)等。
光动力治疗(PDT)：是利用光激活光敏剂后产生光化学效应选择性杀伤病原微生物及被某些病原微生物感染的细胞。可通过破坏HPV感染的细胞有效清除疣体及宫颈上皮细胞中的高危型HPV DNA，安全有效。PDT后一般不会因造成严重组织损伤。
生物学治疗
1、干扰素的病灶内注射和系统注射或局部霜剂涂抹，可直接破坏病灶表面吸附的及残留的病毒，主要用于减少HPV相关病损在手术或物理治疗后的复发。
2、治疗性疫苗：国外已有多种治疗性疫苗在临床前研究取得良好结果，并在治疗HPV
3、相关病变的临床研究阶段亦显示出很好的效果，但不太适用于存在明显免疫缺陷的HPV感染者。
4、其他免疫调节剂如白介素-12、粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子,转移因子、免疫球蛋白,红色诺卡氏菌细胞壁骨架制剂等非特异性免疫调节剂也有用于临床治疗尖锐湿疣和HPV感染的报道,但仍需要有足够的循证医学证据来进一步证实。
四、手术切除治疗
传统的手术不是直接消灭HPV，但通过切除包含HPV感染的病灶，以及术后的炎症反应和自身免疫功能的激活，可使HPV转阴率明显升高，具有较好的效果。
湿疣医生提醒：目前，能够将HPV病毒清除的方法并不多，需要注意的是若感染HPV病毒类型为高危病毒，治疗周期会更长。
