感染人乳头瘤病毒后潜伏期短6周，长2年。HPV感染大体上可分为黏膜表面感染和皮肤感染，但这种差别并不是绝对的。临床表现则多种多样，感染可以是无症状的，或产生可察觉到的良性疣，或产生反复发作的逐渐生长的不易治疗的病理损伤，还有的可转为侵入性肿瘤。常见的临床表现如下：
1、良性皮肤表现
(1)寻常疣：米粒大小的丘疹，表面角化明显，粗糙不平、顶端刺状，质地坚硬，皮损可单个，也可多个，可自身接种而逐渐增多。多发生在手、足等
(2) 特殊部位表现疾病：
甲周疣：发生在指、趾甲周围，表现为甲下增厚、角化。
跖疣：发生在足跖部位，皮损表面因受压可见出血点和黑点。
丝状疣：发生在颈部、眼睑的 呈柔软丝状多个细小疣
扁平疣：多发生在面部，躯干部位也常见，多为2-5mm大小的扁平丘疹，肤色或淡褐色，表面光滑，圆形或类圆形，偶因瘙痒而搔抓形成自身接种，或沿皮肤损伤表面种植。
2、外生殖器疾病良性表现
(1) 生殖器疣(尖锐湿疣)：包括三种状态：典型表现、亚临床感染、潜伏感染。
(a)典型表现：肉眼可见的典型皮损：形态上为乳头瘤状、菜花状、颗粒状、鸡冠状等;
(b)亚临床表现为肉眼不易辨认，借助放大镜、醋白试验才能观察到，组织学和细胞学检测有典型HPV的病理改变;
(c)潜伏感染是HPV进入皮肤黏膜的细胞内，不引起任何临床表现和组织细胞学的异常，而通过分子生物学方法、核酸杂交等可在皮肤黏膜的细胞中检测出。
易发部位：女性外阴、阴道、宫颈和肛门周围、肛管内、尿道口;男性的外阴、阴茎、睾丸表面、尿道口、肛门周围、肛管内等。
少见部位：腋窝、脐窝、趾间、乳房下等。
(2)口腔粘膜表面的疣状损害、复发性呼吸道乳头瘤病等。
