在经过一系列复杂的检查与诊断流程之后，被确诊为骨髓增生异常综合征的患者下一步就要面临选择对症的治疗方案。科学合理的治疗方案能够为不同阶段病程的患者，达到不同的治疗目标。
总的来说，为MDS患者制定治疗方案，需要考虑到以下几个方面的问题。一是MDS患者疾病的所属分型，二是MDS的预后评分，三是患者所能接受的治疗手段。
一、按照目前被广泛接受的WHO2008分型方案，骨髓增生异常综合征被分为以下几组：①难治性贫血伴有一系病态造血(RCUD);②难治性贫血伴有铁粒幼细胞(RARS);③难治性贫血伴有多系病态造血(RCMD);④难治性贫血伴有原始细胞过多(RAEB-1/RAEB-2);⑤骨髓增生异常综合征不能分类(MDS-U);⑥骨髓增生异常综合征伴独立的5q-;⑦转化中难治性贫血伴原始细胞过多(RAEB-T)。不同类型的MDS治疗方法必然不同，其产生疗效也不尽相同。
二、根据MDS患者骨髓原始细胞、染色体核型以及血细胞减少系列数制定的IPSS国际预后积分系统，将MDS评为低危、中危Ⅰ、中危Ⅱ以及高危组。危险程度不同的MDS患者选择的治疗方案也不一样。
对于低危组和中危Ⅰ组患者，治疗目标是摆脱输血依赖和提高生活质量，主要选择支持治疗、免疫调节剂(来那度胺)、免疫抑制剂(CSA/ATG)、生长因子和去甲基化治疗、以及中西医结合治疗。对于中危Ⅱ以及高危组，治疗目标则是快速有效缓解患者症状，延缓病情进展，以及延长患者生存期，主要选择支持治疗、化疗、移植、去甲基化治疗和中西医结合治疗。
三、制定治疗方案中极其关键的一个方面，是要考虑到患者的患者自身因素，如年龄、体能素质、共患病状态、器官功能状态、医疗护理条件、患者的依从性及经济状况等，综合考虑，为患者量身定制佳的治疗方案。
治疗方案的选择是能否达到好治疗效果的关键因素，也决定了患者的患者的生存质量和生存期。在接受治疗的同时，患者也应积极的调整自己的心理状态，健康乐观的情绪对恢复也有很大的帮助。
