最容易与三叉神经痛混淆的牙病是急性牙髓炎，特别是当医生查不到龋洞时，有可能误认为原发性三叉神经痛。当然，更多见的误诊是将三叉神经痛当作牙痛。
牙髓炎一般是由龋齿所引起，少数是由牙周炎继发而来。龋齿可以发生在两个牙齿之间的邻接面，不易被发现，常造成误诊。急性牙髓炎可突然发病，疼痛剧烈，夜间尤甚，冷热刺激能使疼痛加重，但急性化脓性牙髓炎遇冷则疼痛缓解。疼痛可向半侧头部放散，分不清是上牙还是下牙疼痛。
原发性三叉神经痛和急性牙髓炎的区别可以归纳成下列几点：
(1)三叉神经痛的疼痛持续时间较短，牙髓炎的疼痛持续时间较长，而且呈阵发性地加重。
(2)三叉神经痛夜间发作次数减少，牙髓炎则夜间疼痛加重。
(3)三叉神经痛可因唇舌的运动或触模某处而诱发，牙髓炎则只在遇到冷热饮食或食物碎渣嵌入龋洞时才加重疼痛。
(4)牙髓炎的疼痛一般只持续数日至十数日，待牙髓坏死，疼痛即逐渐缓解。三叉神经痛则可延续数月，而且缓解之后还可再发作，因而可有多年的发作病史。
(5)牙髓炎经钻开牙髓腔，减轻牙髓充血对牙髓神经末稍的压力之后，疼痛可立即缓解，而三叉神经痛，不论治牙或拔牙，都不能减轻其病情
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