引起胃食管反流性疾病的因素众多，大致可分为两类：
一、原发性胃食管反流
原发性食管下括约肌关闭不全，是原发性胃食管反流性疾病的原因。通过对有反流症状的患者进行多方面的检查，均证明有胃食管反流。但有一部分患者追查不到引起反流的任何原因;故称原发性食管下括约肌关闭不全。此种情况多见于老年人，可能与老年人结缔组织松弛、隔食管裂孔部位的“弹簧夹”作用减弱、食管下扩约肌(LES)的内在功能衰退有关。
二、继发性胃食管反流
任何引起食管下括约肌压力下降的因素均可造成胃食管反流性疾病。分述如下：
(一)食管裂孔疝
由于裂孔疝破坏了食管裂孔的正常解剖关系，造成LES的关闭不全，则产生胃食管反流。滑动性食管裂孔疝，食管与胃的连接部呈垂直方向，也就是同心型的结构，因此His角消失，食管与胃的连接呈垂直的通道而失去抗反流的瓣膜作用;腹食管上移人胸腔失去腹内压的对抗作用;隔食膜被拉长，变得软弱无力，消除了食管下括约肌的支撑作用;裂孔被撑大，则隔脚的“弹簧夹”作用丧失。以上这些食管下括约肌的辅助作用在裂孔疵存在时都被消除了，使食管下括约肌不足以对抗腹内压力，就必然会发生胃食管反流。据统计反流性食管炎的患者85%有裂孔疝，在裂孔痫病例中有半数以上发生反流性食管炎。所以裂孔癫是胃食管反流性疾病的常见原因。
(二)先天性畸形
l、先天性食管下段锦膜柱状上皮化生食管就膜上皮是由鳞状上皮所组成，在其间出现非鳞状上皮区称柱状上皮化，这种先天性食管激膜的柱状上度化仅发生于食管下段激膜，不伴有相关联的或并发其他解剖异常。表现有胃食管反流症状，常合并反流性食管炎。
2、食管腹段过短腹腔食管段在抗胃食管反流中起着重要作用，正常长度约3-4cm若此段过短(平均<1cm)则易造成反流。
(三)胃轻瘫
胃轻瘫可由许多不同的原因引起，常见的原因是糖尿病、胃手术、迷走神经切断术、药物。但通常原因不清，属特发性胃轻瘫。胃轻瘫者胃排空延迟或有胃内容物储留，同时胃轻瘫患者还存在食管下括约肌及食管下段肌肉轻瘫，使食管下括约肌抗反流功能降低，食管清除率下降，造成胃食管反流。
