器质性疾病是由器官和组织的病理变化引起的实质性损伤，导致炎症、溃疡等反应，通常需要一定时间的治疗，受损的机体功能可以恢复，可能会留下一定的不可逆损伤。功能性疾病多指器官组织本身没有实质性损害，但也会伴随着神经调节障碍，引起功能异常。

一般来说，功能性变化是首先引起的。当有害因素的浓度或强度以及作用时间超过一定限度时，功能改变就会发展为器质性病变。功能性改变可以引起器质性改变，但是器质性改变不能恢复到功能性病变。

常见的胃肠疾病，例如胃溃疡和急性肠胃炎，大部分是可以治好的疾病，而冠状动脉疾病和糖尿病则是不可逆的器官疾病，例如心脏神经症，这些疾病的器官本身不会损害疾病，但会出现类似的器官损害症状。

以上就是器质性胃肠疾病和功能性胃肠疾病的主要区别，要想避免患上这些胃肠病，除了定期检查胃肠情况之外，保持健康的生活习惯，还有积极乐观的心态也是非常重要的。定期到医院做胃镜检查是为了及时发现器质性胃肠病，注意生活作息和心态则是为了避免功能性胃肠病的发生。