对某些人来说，番茄吃得太多太频繁，也会对人体产生明显的副作用，所以番茄的禁忌人群要谨记。尽管很多人不知道，但番茄的确是已知过敏原之一。在易感人群中会引起打喷嚏、湿疹、眼睑，咽喉瘙痒和口腔、面部肿胀等不同症状，番茄的禁忌人群要记住。而在某些情况下，即使仅接触番茄也会引起某些人的过敏反应。食品安全局称，吃过量番茄会造成某些金属元素在体内的积累，从而对某些敏感人群造成不良影响。
像肾功能障碍人士。美国卫生和公共服务部指出，有肾脏问题的人应减少钾摄入量，而番茄含高浓度的钾。也有人担心，番茄及其制品，特别是番茄酱中的草酸，也是具有潜在风险的化合物，大量摄入时与体内的钙结合，可能会对肾结石的形成和复发产生不利影响。不过，这种影响还有待流行病学研究进一步证实。
胃食管反流病，胃食管反流病主要与饮食习惯相关，食用番茄及其加工制品则是诱发和加重胃食管反流病的主要原因之一。在这种疾病状态下，大量的胃酸返流到食道中，从而引起胸部、喉咙的反酸味和灼痛感。番茄中存在的柠檬酸和苹果酸，很可能是导致易感个体和高频番茄消费者患病的主要诱因。
肠易激综合征患者。肠易激综合征是一种常见的胃肠道疾病，症状主要包括排便异常、腹胀、腹痛和便秘或腹泻的频繁发作，而不良的饮食习惯是引发这种疾病的最重要因素。番茄的致敏性可能引发一些人的肠道问题。同时，番茄的皮和种子可能会对某些人的肠胃造成刺激，从而导致腹胀、腹泻。
偏头痛者。饮食被认为是影响偏头痛发病、加重的诱发因素之一。在170例偏头痛患者的病例对照研究中发现，在病例组中包括番茄在内的几种蔬菜的食用量显著更高。也有实验表明，食用番茄对偏头痛的发病具有明显影响。
担心皮肤变色的人。番茄是番茄红素的丰富来源，番茄红素是种有效的抗氧化剂。 然而，食用大量番茄会导致个体血液和血浆中含有过量的番茄红素，从而导致皮肤变色发红，称为番茄红素血症。
