水环境污染必然影响城乡居民饮用水安全问题，直接饮用地表水和浅层地下水的城乡居民饮水质量和卫生状况难以保障。根据调查，地表水饮用水水源地不合格的约占25%，其中淮河、辽河、海河、黄河、西北诸河近一半水质不合格。华北平原地下水饮用水源地，有35%不合格。2004年12月22日水利部长汪恕诚公布：我国70%以上河流湖泊遭受不同程度污染，高氟水、高砷水、苦咸水、有机污染水、血吸虫等，造成农村3.6亿人饮水不安全。
其中，1.9亿人饮水中有毒物质含量超标。
1.地方性疾病
地方性病是指具有严格的地方性区域特点的一类疾病。我国地方病分布广，罹患者多，受威胁人口更多。
地方性氟中毒病是在高氟环境中，长期摄入超过人体需要量的氟元素而引起的慢性中毒性地方病，以影响骨骼和牙齿等硬组织为主的全身性疾病。早期病变为损害发育中的牙釉质发生氟斑牙，继续发展可引起骨骼变化，表现为腰腿疼、关节活动受阻。重者骨骼变形、致残甚而瘫痪，生活不能自理。
据报道，我国农村供水约有六千万人饮水中氟化物超过卫生标准要求，约有二千多万人因而患上地方性氟斑牙和氟骨症。
Ⅲ型三度氟斑牙 氟骨症
我国政府于1994年正式将砷中毒列为重点防治的地方病进行管理，并在全国开展普查。直至目前，已有至少17个省、自治区发现了饮水型砷中毒。长期饮用含砷量高的水可引发砷中毒，导致皮肤癌、黑脚病神经痛、血管损伤及坏疽以及增加心脏病的发病率等。
近年来，世界卫生组织、美国、日本、加拿大等国家的饮水水质标准将砷由0.05mg/l降至0.01mg/l。在2003年7月27-30日于南京召开的中华医学会第五次全国地方病学术会议上，有报告指出，按照世界卫生组织的水砷标准0.01mg/L计，中国砷中毒危害病区的暴露人口高达1500万。
2.环境内分泌干扰物及其影响
化学物质对饮水污染所带来的危害与微生物所造成的污染不同，主要健康危害是长期接触后造成的有害作用，特别是蓄积性毒物和致癌物质。
近年来水中有机污染物引起普遍关注。有机物种类繁多，成千上万，而且每年以上千种增加。人工合成的有机物形态稳定，在环境中需要几年乃至几十年的时间才可能降解成为无害的物质，因此其将残留在环境中。这些化合物在被生物分解的过程中将会被生物富集于体内，使生物体内的浓度大大升高，并通过生物链的作用传递。许多种人工合成的有机物具有致突变、致畸变、致癌变作用和毒性，对健康产生潜在危害。相对于水体中的天然有机物，它们对公众的健康危害更大。
1995年Minnesota学生发现畸形青蛙，并将照片在Internet上公布，接着该州87个郡中54个郡出现同类报道，引起世界震惊。2000-2001年在我国天津市南郊区的水沟里和的辽宁省朝阳市也发现了大量三条腿的青蛙。研究表明，其为一类称为环境内分泌干扰物的物质所至。
环境内分泌干扰物不仅会对生活在水中的生物产生影响，对人类对人最明显的危害是生殖机能下降。最近50年间，全世界男性精子数量下降了50%，不育或不孕夫妇的比例已达到10%-15%。中国1981-1996年16年间成年有生育能力男性精液质量检测报告分析公开发表的数据也表明，男性精子数下降近30%。而造成这一切的首因就是环境内分泌干扰物。
据报道，世界许多地区人群血液中检出内分泌干扰物。体内有机污染物来源复杂，但内分泌干扰物主要的吸收途径为食物和饮水。研究表明，西南重庆市50人份血液中检出的部份有机物与本市饮用水的有机物成分具有较高的一致性。50份血液样品中检验出邻苯二甲酸酯类化合物，而邻苯二甲酸酯类化合物已为世界公认的环境内分泌干扰物。
