尿结石虽然是一个简单的疾病，但是有些尿结石可能是因为病人的某些基础性疾病而引起的，这样尿结石的防治方法也会随着不同的类型而发生改变。
尿路结石的预防应根据不同情况采取相应的措施，在夏季、在高温环境下工作、结石多发地区和易发结石个体应鼓励大量饮水，维持每日尿量在2至3升，因夜间尿量少，亦可采取睡前、夜间起床排尿后饮水方法，保持夜间尿量增加，有利预防结石发生，延缓已有结石的增大，如结合利尿解经的药物可促进小结石的排出。
尿路感染的脓块亦可作为形成结石的核心，多饮水和抗生素应用可促进尿液引流和控制感染，预防感染性结石的发生。
全身钙磷代谢紊乱可导致尿中钙浓度的增高，使晶体沉淀形成结石，如甲状旁腺功能亢进患者，应首先切除甲状旁腺腺瘤，如已有结石发生，手术后肾内结石可自行溶解。痛风病人，体内嘌呤代谢异常，尿酸增多，高尿酸尿症可引起尿酸结石，预防应着手于痛风的治疗，可口服别嘌呤醇。
服用有些药物也可发生尿路结石，如磺胺药物经肾排出时，在酸性尿中药物晶体极易沉淀，形成结石，故预防应多饮水和服用碱化尿液的药物，如枸櫞酸钾，有报道服用索密痛和胺苯硫脲也可引起尿路结石，应引起重视。
有些结石发生和营养或维生素有关，如在营养不良的儿童中容易发生膀胱结石，预防应给予足够的乳品、蛋白质和动物脂肪食物，而成人服用过多维生素D，有可能诱发肾结石。尿路的先天性畸形，如先天性肾盂输尿管狭窄，可引起尿路的梗阻，尿流不畅，继发感染，导致结石发生，因此需手术矫正。
老年男性有前列腺增生排尿不畅，容易发生膀胱结石，因此前列腺增生应及早治疗。而有些回肠短路手术后、回肠切除手术后或潰疡性结肠炎的病人，由于胆汁重吸收和利用障碍，使过量的草酸钙从肠道吸收，并经尿液排出，形成草酸钙结石，预防可服用枸櫞酸钙。
