肠炎的原因较多，主要原因如下：
1、病毒性肠炎
病毒性肠炎见于犬瘟热病毒、犬细小病毒、犬猫冠状病毒、猫泛白细胞减少病病毒等引起的肠炎。
在病毒性肠炎中，轮状病毒是婴幼儿腹泻的主要病因，而诺瓦克病毒是成人和大龄儿童流行性病毒性胃肠炎的主要病因。
2、细菌性肠炎
细菌性肠炎见大肠杆菌、沙门氏菌、耶尔森氏菌(引起小肠结肠炎)、毛样产芽胞杆菌、空肠弯曲杆菌、梭菌(犬出血性胃肠炎)等引起的肠炎。
细菌性肠炎的致病菌以痢疾杆菌常见，其次为空肠弯曲菌和沙门氏菌。
3、真菌性肠炎
真菌性肠炎见组织胞浆菌、藻状菌、曲霉菌、白念珠菌等引起的肠炎。
真菌性肠炎以白色念珠菌引起的多。
4、寄生虫性肠炎
寄生虫性肠炎见鞭毛虫、球虫、弓形虫、蛔虫、钩虫等引起的肠炎。
寄生虫引起的肠炎以溶组织内阿米巴较为常见。
5、饮食导致的肠炎
采食异物、污染或腐败变质食物、刺激性化学物质（毒物或药物等）、某些重金属中毒，以及某些变态反应（嗜酸性细胞性肠炎、浆细胞淋巴细胞性肠炎）等都能引起肠炎。
6、药物导致的肠炎
滥用抗生素，改变了肠道存在的微生物区系，或出现耐抗生素菌株而引起的肠炎。
此外，休息无规律和精神过度紧张也是引起此病的一个原因。还有少数肠炎病因不明。
