心血管畸形的发生主要由遗传和环境因素及其相互作用所致。内在因素主要与遗传有关，由单基因和染色体异常所导致的各种先天性心脏病，约占总数的15％。如21-三体综合征即先天愚型的患儿约40％合并心血管畸形，其中以房间隔缺损为多见。马凡综合征与Fibrillin基因有关；主动脉瓣上狭窄可能与Elastin基因突变有关。外在因素中较重要的为①宫内感染，特别是母孕早期患病毒感染如风疹、流行性感冒、流行性腮腺炎和柯萨奇病毒感染等；②孕妇接触大量放射线或服用药物（如抗癌药，抗癫痫药等）；③孕妇患代谢性疾病（如糖尿病、高钙血症）；④孕妇妊娠早期酗酒、吸毒等；⑤孕妇患有引起宫内缺氧的慢性疾患。虽然先天性心脏病的病因迄今尚未完全明确，但加强孕妇的保健，特别是在妊娠早期即妊娠前3个月内积极预防风疹、流感等病毒性疾病、避免与发病相关的高危因素接触，对预防先天性心脏病具有重要的意义。