肛周脓肿和肛瘘手术哪个痛苦，无法一概而论，因为每个人对痛苦的界定也不同的。但一般手术时会进行麻醉，手术中一般无感觉，故也不会感到痛苦。术后随着麻醉药效果消失，疼痛会慢慢的出现，但是绝大多数患者都可以耐受。
肛周脓肿和肛瘘两者均为肛门局部化脓性的感染性疾病。肛周脓肿主要由于肛窦隐窝肛腺堵塞、继发感染引起的，同时向肛门周围的疏松组织间隙进行扩散。因此，当肛门周围脓肿发生时，甚至被引流的时候，脓液就会被排出，同时，这些感染组织间隙逐渐进行恢复，很容易形成肛瘘。从疾病严重程度而言，肛瘘可能会更严重些。
术后患者需要每天坚持换药，换药时会接触到伤口，可能会产生一定的疼痛。正常情况下，疼痛可持续10天到半个月左右，之后伤口疼痛会逐渐消失。
