肛瘘非常严重的情况可能会危及生命。如果不积极及时地治疗肛瘘，可能会导致严重后果，可能会从单纯性肛瘘转变为复杂性肛瘘，增加治疗难度。如果患者免疫力低下，抗感染能力差，可能会并发严重感染，如坏死性筋膜炎，将危及生命。反复刺激肛瘘局部炎症可能导致患部周围局部组织长期恶性转化，导致患部周围癌细胞的产生，甚至远处器官的转移，危及生命。