典型的面肌痉挛比较容易诊断，表现为一侧眼睑部、面部的肌肉抽动，特别是口角的抽动。早期也可能仅仅表现为眼睑的跳动，需要与习惯性的眨眼相区别，有些人习惯性的眨眼，但不是由眼部肌肉痉挛引起。还有小儿舞蹈症表现为做鬼脸，挤眉弄眼伴有肢体的不自主运动，不难鉴别。
但是有两种疾病容易与面肌痉挛相混淆，一个是颜面部肌张力的障碍，其中典型的表现称为梅杰氏综合征。患者早期可能只表现为眼肌痉挛，往往是双侧，逐渐发展会伴随其他的症状，像不自主的张口、闭口、口周肌肉不规律的运动，还有做古怪的动作。稍重的患者可以出现发作性的闭目，睁眼非常困难，或者出现颈部的不适，斜颈、头抖、头后仰、耸肩等。
面肌痉挛会逐渐进展至一侧面部的其他面肌，口角肌肉的抽动，而不会引起对侧的症状。临床上也会遇到双侧面肌痉挛，比较少见，双侧面肌痉挛往往是有时间差，一侧发病后几个月或几年后，对侧也出现同样的症状。梅杰氏综合征的患者可以通过脑深部电极刺激术也就是DBS缓解，这类患者误诊为面肌痉挛做显微血管减压术无效。
另一个误诊的疾病是面瘫后的面肌痉挛，面瘫是因为面神经炎症引起，往往因为冷风会使面部受凉引起，常见的是睡觉时开空调或者吹风扇，起床后发现嘴角歪斜、眼睛闭合困难。在面瘫治疗的后期也会出现面肌痉挛，原因可能与面神经炎症和治疗时对神经的损伤或者刺激有关系，对患者做显微血管减压术也无效。
