肛瘘多是肛旁肿脓肿切开引流或自行破溃后，经久不愈形成溃口与肛门直肠相同的管道。因为经常从溃口处漏出脓血等分泌物，所以过去又称为“肛漏”。
因为肛瘘多是由肛旁的脓肿所致，所以在治疗脓肿时就要考虑治疗方法对以后形成肛瘘的影响。脓肿的治疗原则是“有脓必排”，在少量脓液时就要引流出来，以免越聚越多越深，肿块疼痛增加。由于肛门的独特生理结构，肛旁脓肿想用治疗身体其他部位脓肿的方法治疗，如单纯应用抗生素控制感染等往往适得其反，有可能使简单的病灶扩大蔓延，以致后来形成复杂性肛瘘。而选择微创引流通畅的方法往往可以减少脓肿形成肛瘘的机率或使较大的脓肿形成单纯的肛瘘。
肛瘘形成后，要想正确的处理和治疗肛瘘，术前检查尤其重要。术前检查重点在于明确肛瘘的形态，走形分布。知道了瘘管在什么位置，与肛门括约肌什么关系，就可以选择微创的方法尽量的把管道切除，同时尽量不要损伤肛门括约肌。一般可以通过直肠腔内超声或肛周磁共振检查可以明确肛瘘形态和走形。另外术前肠镜检查也很重要，主要是看一下肠道是否有克罗恩病等，如果肛瘘是克罗恩病的并发症，那么这种肛瘘的治疗方法与常规手术有很大差别，一般也难以。
