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肛窦损伤和感染是肛门直肠脓肿的主要原因。肛管开口于肛窦，肛窦开口呈漏斗状向上，肛管直接通向肛门直肠周围空间。分泌物和各种细菌很容易进入肛窦，引起肛窦炎和肛门腺发炎，导致肛门直肠周围感染，形成脓肿。
婴儿期肛门直肠周围脓肿的其他原因包括：
1、大便压迫：小儿骶骨弯曲尚未形成，直肠与肛管呈垂直状态，粪便直接压迫肛管齿状线肛窦处，易造成肛窦损伤感染发炎。而女孩直肠前有子宫压迫直肠，直肠曲与成人相似，肛窦相对受粪便压迫损伤机会少，所以发病率较男孩低。
2、小儿肛门周围尿布皮炎引起毛囊、汗腺、皮脂腺感染，导致皮下脓肿。另外，婴幼儿免疫功能低下，抵抗力差，皮脂腺分泌比较旺盛，容易导致肛周皮下感染，形成脓肿。由此看来，除了肛窦损伤和感染外，不洁的肛周皮肤也是婴幼儿肛肠脓肿的主要因素。
北京肛肠医院专家：患上肛肠疾病是不可长时间的将该病拖延的，有的肛肠疾病长时间的不治疗是会严重伤害身体健康的，长时间的不治疗还容易诱发其他多种肛肠类疾病集于一身的情况出现，这将会严重的伤害身体健康和影响正常的生活，因此，在生活中若是发现自己有患上某种肛肠类疾病的一些症状的时候，一定要及时的到专业的肛肠专科医院进行检查和治疗。
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