引起慢性腹泻的原因有很多，而且很复杂，不一定由肠道炎症引起。其他一些疾病的早期表现不典型，有时可只表现为慢性腹泻。
一、全身性疾病
1、糖尿病：糖尿病引起的腹泻与其导致的胃肠道植物神经病变有关。腹泻呈顽固性、间歇性，发作时间可为几天至几周；间歇期可为数周至数月，腹泻昼夜均可发生，约5％的腹泻病人同时有脂肪泻。
2、甲亢：甲状腺机能亢进症患者由于肠道蠕动快，消化吸收不良而出现大便频繁甚至腹泻，大便一般呈糊状，含较多未消化食物。
3、尿毒症
4、系统性红斑狼疮
二、肝、胆道、胰腺疾病
1、肝癌：以腹泻为首发症状的肝癌并不少见。肝癌患者的肝脏解毒功能下降，肠黏膜在有害化学物质的刺激下产生肠毒素，促使肥大细胞增殖，释放组织胺，使肠黏膜变性水肿，通透性增加，对水分的重吸收减少，致大量水分排入肠腔引些腹泻。
2、慢性肝炎、肝硬化
3、慢性胰腺炎、胰腺癌
三、胃肠道疾病
1、大肠癌：大肠癌多数发生在中年以后，位于左侧结肠者常为环状生长，伴有排便习惯改变。当肿瘤有糜烂、溃疡、坏死时，可表现为腹泻、血便和里急后重，尤其是肿瘤位于直肠者，主要表现为血便、排便次数增多、排便不畅和里急后重。
2、克隆病：又称节段性肠炎，发病年龄主要在20―40岁，起病缓慢，以腹痛、腹泻开始，逐渐加重，大便稀或水样，常无脓血。病变肠段的炎症、蠕动增加及继发肠道吸收不良是引起腹泻的主要原因。多为间歇性发作，病程后期呈持续性。
3、溃疡性结肠炎：女性多于男性，起病可急可缓，症状轻重不等，腹泻系在炎症刺激下，肠蠕动增加及肠腔内水、钠吸收障碍所致。轻者每日排便3-4次，或腹泻与便秘交替;重者排便次数频繁，粪便多为糊状，混有黏液、脓血。本病可有结节性红斑、虹膜睫状体炎、关节炎等肠道外表现。4、肠易激综合征
5、胃癌、萎缩性胃炎
6、其他引起慢性腹泻的原因还有很多，如肠结核、肠道真菌感染、慢性细菌性痢疾、药物等。出现腹泻时，如果原发疾病的表现较为典型，则比较容易诊断;如果原发疾病的表现不典型，就比较容易误诊，有时误诊会长达数月或数年。
因此，出现慢性腹泻不可掉以轻心，应当进行认真的检查，只有查清病因，才能正确的治疗慢性腹泻。反之，仅对慢性腹泻给以对症治疗，效果往往较差，甚至还会延误病情，失去治疗的时机。
