肛瘘自然愈合的几乎很少，手术是主要，常能获得痊愈，但有一定的复发率。不适合手术的病例，可用非手术，一般能减轻症状，防止瘘管向纵深蔓延，控制其发展。肛瘘和肛旁脓肿一样，不同于身体其他部位的感染，由于发生在肛门直肠附近，在肛门或直肠内有一固定感染来源，即内口，同时病灶位于肛门括约肌内，括约肌的舒张和收缩会影响脓液的排出。
因此说，肛瘘和肛旁脓肿一旦发生，不论轻重，多没有自愈的可能，药物治疗也只是减轻症状，临床只有通过手术（包括挂线）治疗才能达到目的。以往曾有许多人试图用手术以外的多种方法治疗，但都以失败告终，至少可以说，到目前为止还未发现非手术方法能肛瘘的。
关于肛瘘的治疗，专家建议好在早期采用肛瘘手术进行治疗，因为肛瘘一般都很难自愈，所以需要及时的选择有效的方法进行治疗。得了肛瘘怎么办是每个患者焦急的心声，其实不用太过紧张，只要怀疑自己有了肛瘘的症状，及时到医院确诊，及早治疗即可。
