女性查出HPV39阳性，并不意味着其配偶一定会感染HPV病毒。HPV，即人类乳头瘤病毒，主要通过性接触传播，但配偶的感染风险取决于多种因素，包括其自身的免疫力、是否采取预防措施以及双方性生活的频率等。

HPV39属于高危型人乳头瘤病毒，具有传染性，能够在接触局部皮肤或黏膜时入侵人体局部的皮肤和黏膜细胞，导致局部感染。然而，感染HPV并不一定会导致疾病的发生，因为很多人可能在感染后的一段时间内自行清除病毒。此外，即使感染了HPV39，也不一定会立即出现症状，有些人可能长期处于潜伏感染状态。

对于配偶来说，如果与感染者有密切的性接触，且自身免疫力较弱或未采取预防措施，那么感染的风险可能会增加。但是，并非所有与感染者有性接触的人都会感染HPV，因为个体的免疫力在抵抗病毒感染中起着重要作用。

为了降低感染风险，配偶可以采取以下措施：

进行定期的HPV筛查：通过定期的筛查，可以及时发现并治疗HPV感染，从而降低疾病的发生风险。

保持良好的个人卫生习惯：如勤换内裤、避免多个性伴侣等，这些措施有助于减少HPV的传播。

增强免疫力：保持健康的生活方式，如均衡饮食、适量运动、戒烟限酒等，有助于增强免疫力，提高抵抗病毒感染的能力。

使用预防措施：在性生活中使用避孕套等预防措施，可以减少HPV的传播风险。但需要注意的是，即使使用避孕套也不能完全阻止HPV病毒的传播。

总之，女性查出HPV39阳性并不意味着其配偶一定会感染HPV病毒。配偶的感染风险取决于多种因素，包括其自身的免疫力、是否采取预防措施等。为了降低感染风险，配偶可以采取定期的HPV筛查、保持良好的个人卫生习惯、增强免疫力以及使用预防措施等措施。同时，如果配偶出现任何异常症状或不适，应及时就医并告知医生自己的HPV感染情况，以便得到及时的诊断和治疗。