事实上，除了AFP有助于原发性肝癌的早期诊断，PSA、F-PSA及其比值有助于前列腺癌的早期诊断，其他肿瘤标志物的检测对于肿瘤的早期诊断并不具有很大的意义，其临床价值主要体现在分析、判断预后、预测复发及转移等。肿瘤的早期诊断更多的需要结合病史、症状、体征、影像学检查（B超、CT、X线、胃镜、肠镜）等手段来综合分析，明确诊断则需要依靠病理检查。
肿瘤标志物阴性就可以排除相关肿瘤？
既然多数肿瘤标志物的检测对于肿瘤的早期诊断并不具有很大的意义，那么，肿瘤标志物的阴性也就不能完全排除相关肿瘤。即使像AFP这种对原发性肝癌的早期诊断具有相当意义的肿瘤标志物，其阳性率也仅达到79％~90％（AFP诊断原发性肝癌的阳性阈值为>400ng/ml）。也就是说，还有10％~30％的原发性肝癌的患者，AFP是正常的或只有轻度的升高。
肿瘤标志物异常就可以诊断相关肿瘤？
许多良性疾病都可以有肿瘤标志物的异常，如前列腺肥大、前列腺炎可以有PSA的轻、中度升高，子宫内膜异位症可以有CA125的轻、中度升高，急、慢性肝病时可以有CA125、CA199、CA50、铁蛋白的不同程度的升高。胆道疾病伴黄疸时常有CA199、CA50的明显升高，甚至长期吸烟者CEA也会有轻度升高。
肿瘤标志物的轻度升高价值不大？
正因为许多良性疾病都可以有肿瘤标志物的异常，所以有些人认为肿瘤标志物的轻度升高价值不大，只有在高于正常参考值5倍以上才有意义。事实并非如此，因为在大多数情况下，正常参考值的范围都订得比较宽。因此，在排除了良性疾病以后，即使是肿瘤标志物的轻度升高同样有很大价值。
如何更好地利用肿瘤标志物？
有肿瘤家族史或临床有可疑症状者，都应尽快进行肿瘤标志物的检测。联合检测多种肿瘤标志物有利于提高检出的阳性率，如肺癌的首选肿瘤标志物为CEA、NSE、CY211，补充肿瘤标志物为SCCA、TPA，以及促肾上腺皮质激素（ACTH）、降钙素等；肝癌的首选肿瘤标志物为AFP，补充肿瘤标志物为CEA，以及碱性磷酸酶（ALP）、r-谷氨酰转移酶（GGT）等。
而对于肿瘤标志物初次检验结果阳性而未见任何异常的体检人群，建议定期复查，若复查结果为阴性，可能为良性疾病引起的一过性升高。若连续三次检查呈现持续阳性，应引起高度重视，详细询问病史及体格检查、影像学检查。若持续阳性而一时查不出阳性体征者，建议继续定期跟踪复查。
肿瘤标志物的应用在于动态观察、合理应用、联合检测，这样才更有利于肿瘤的预防和治疗。
