决定是否清除病毒的关键是个体的免疫功能状态。HBV感染人体后，其自然史有3个阶段：
1、免疫耐受的高复制期，表现为血中HBsAg维持稳定的高滴度水平，几乎均可检出HBeAg及HBVDNA,肝内存在复制型HBV,但肝细胞膜上无MHC（主要组织相容性复合体），也称人类白细胞抗原（HLA）分子表达，而控制机体免疫应答能力的基因主要存在于MHC内，肝功能正常时无MHC表达，故使免疫系统无法识别HBV，因而不能清除乙肝病毒;这也是为什么DNA定量高而肝功能正常的原因。
2、活动应答时的低复制期，此时肝细胞膜上HLA抗原显著表达，免疫系统受到一定程度的激活，表现为血清转氨酶水平升高，此时MHC分子被激活，发挥一定的抗病毒作用;
3、活动应答后的低（非）复制期，此时多有HBV与肝细胞的整合，HBV利用寄居的肝细胞结构进行复制，但不妨碍肝细胞代谢，处于和平共处状态，不易被免疫系统识别而清除。综上所述，乙肝转阴的先决条件是一定要有免疫系统激活现象（即肝功能异常）的出现。先有肝功能异常，降酶治疗正常后再做转阴治疗也是效果欠佳的。
