1、可能感染了一种前C区变异的乙肝病毒。
这种前C区变异的乙肝病毒感染在欧洲地中海地区和亚洲地区多见，其流行率占慢性乙肝的40%～80%。这样的乙肝小三阳患者尽管血清HBeAg阴性，体内仍存在长期的低水平乙肝病毒DNA的复制，病情仍可不断进展。
乙肝小三阳患者常伴有持续性或间歇性血清转氨酶升高，导致进行性肝病。因此，乙肝小三阳患者可以通过检测血清HBV-DNA来确诊。如果HBV-DNA阳性，就很可能是这种前C区变异的乙肝感染。
2、乙肝病毒感染后的自身免疫性肝炎。
这是由于感染乙肝病毒后，病毒改变了肝细胞膜的一些成分，使人体的免疫系统对自身的肝细胞发动了攻击，造成了肝损伤。这种情况多见于乙肝小三阳女性患者。乙肝小三阳患者可通过检测自身抗体来确诊。如果自身抗体中的某项指标为阳性，就有可能是这种乙肝病毒感染后的自身免疫性肝炎。
3、可能重叠感染了其它肝炎病毒。
乙肝小三阳患者还容易重叠丁肝感染。如果排除了以上两种因素，乙肝小三阳患者也可以检测一下丙肝病毒和丁肝病毒指标。
