部分肛周脓肿患者可能需要二次手术，大部分患者脓肿感染可能不是特别严重，相对比较简单都可以一次性解决。但是对于脓肿范围较大、感染较深的患者，可能需要进行分次手术，需要二次或者三次手术。
通常次手术行切开引流，一段时间以后，肛周脓肿会形成瘘管，数月以后，将瘘管和内口一起解决，这就是二次手术。但是有些患者，由于瘘管跨越肛门括约肌比较多，可能不能一次性切断，切断后会导致患者肛门失禁，这时候可能还需要进行肛瘘挂线手术。对肛瘘挂线，目前通常有两种，虚挂线和实挂线，虚挂线还需要一次手术才能解决，但是虚挂线由于不是勒着肛门括约肌，病人可能不是特别疼痛。
对于实挂线，通常是由橡皮筋逐渐的勒断慢性切割肛门的括约肌，这时候病人术后可能有一段时间肛门比较疼痛，坠胀感比较明显。总体而言，大部分肛周脓肿可以一次性解决，对于位置较高、脓肿较深、范围较大、内口不是特别清楚的肛周脓肿，可能需要二次或多次手术。
