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肛裂的发病机制如下：
1、解剖缺陷理论：肛裂多发生在肛门后部，主要是由于外括约肌浅层在肛管前后形成“Y”形薄弱区，耻骨直肠肌增强了肛管两侧的力量。因此，肛门的后部和前部不如两侧坚固。肛管下降并与直肠后壁形成一个角度。排便时，干燥的粪便对肛门后方薄弱部位的压力巨大，而且由于肛管后方中线供血不畅，弹性较差，肛门后方容易受伤撕裂。这就是为什么肛裂的位置经常出现在后方的原因。
2、感染学说：肛管上端齿状线处的特殊结构，如肛窦、肛瓣、肛乳头、肛腺等，在干硬的粪块移动时容易受到损伤，引起局部感染和炎症，或肛门腺堵塞化脓，溃烂后形成肛裂。
3、括约肌痉挛学说：肛门外括约肌下部因病理因素和纤维化而失去柔软性，在浅表“Y”形薄弱区下端形成无弹性横闸肛门外括约肌层。当干硬粪团穿过肛管时，这个薄弱部位很容易破裂，出现裂缝，裂缝长时间不愈合形成慢性溃疡。
4、外伤学说-肛管狭窄学派：多数学者认为干硬粪便通过肛管时，容易引起肛管撕裂，尤其是先天性肛门发育不良者更易发生肛管撕裂，更易受到损伤。
北京丰益肛肠医院专家总结：上述理论的共同特点是都与干硬粪便的排泄有关，与局部解剖结构有明显的因果关系。可以说，肛裂的发生是多种致病因素相互作用的结果。
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