引起包皮龟头炎主要有一下两方面因素：首先是单纯性和非感染性因素。

正常包皮腔内会分泌一种内酯物质，在包皮过长包茎时或性成熟后或包皮损伤后，此类物质可积累成包皮垢，刺激包皮和阴茎头，引发包皮龟头炎。

临床上的包皮损伤多见于包皮过长患者，常发生在剧烈性生活后或剧烈手淫后，阴茎头和包皮内板皮肤受损。或见于内裤机械性摩擦刺激，或由肥皂清洁剂引起的局部刺激等引发。

另一因素是感染性或可传染性疾病，主要为病源所引起的包皮龟头炎。受细菌和真菌感染而引发包皮龟头炎的情况较为常见，如阴道毛滴虫病，此外还有药物过敏所引起的包皮龟头炎。由药物过敏引起的包皮龟头炎是一种延迟的变态反应性疾病，一般在患者用药后二十四到七十二小时内发病。