到目前为止，尚无治疗乙型脑炎的特效药物，因此该病仍严重地威胁着孩子的生命。在我国多以中西医两法治疗乙脑，并且由于医务人员的尽心尽责，密切观察患儿的病情变化，及时地控制病情的发展，乙脑的死残率已较过去明显降低。在患儿度过急性期后留有的后遗症，应采取中西医结合方法(包括针灸、推拿)进行治疗，并应加强其功能训练，如对有智力障碍的孩子，要反复启发诱导，从患儿所熟悉的人或物，简单的文字或词句开始，锻炼其记忆力，从而达到恢复智力的目的，对留有肢体功能障碍的孩子，要每天为患儿按摩数次，以改善肢体的血液循环，增加肌肉弹性，以减轻肢体的萎缩，并教育患儿进行主动锻炼，逐渐促进中枢神经系统功能的恢复;对有吞咽障碍的患儿，则应哺喂流汁饮食，由一点一滴地喂，到一口一口地喂，逐步过渡到半流汁饮食，以逐渐训练患儿的吞咽功能。乙型脑炎恢复期的治疗对减少后遗症十分重要，家长应有耐心和爱心，才能使孩子得到大的康复。
由于本病的死残率高，因此预防本病的发生就显得特别重要。首先，对生后6个月的孩子就应接种乙脑疫苗，直到15岁前的孩子每隔4年都应加强接种—次。其次是养成孩子的良好生活习惯，既要有合理的营养，又要有足够的睡眠，以提高身体的抵抗力。值得注意的是，灭蚊、防蚊是预防乙脑流行的发生的根本措施，积极开展爱国卫生运动，清除污水和排除积水消灭蚊子的孳生地是预防本病发生的关键。
