矮小症的原因有以下几点：
1、生长激素缺乏或分泌不足，导致身高不能正常生长；
2、遗传因素，比如家族性矮身材；
3、染色体异常，比如生长激素不敏感或抵抗综合征，多由生长激素受体基因突变所致，呈常染色体隐性遗传；
4、宫内生长迟缓，约1/3宫内生长迟缓儿成年后身材矮小；
5、骨骼发育障碍：各种骨、软骨发育不全等，均有特殊的面容和体态；
6、和一些肿瘤有关系，如大脑皮层、下丘脑垂体的一些肿瘤，有分泌功能的一些生殖细胞瘤等；
7、其他内分泌代谢病引起的生长落后：先天性甲状腺功能减低症、先天性肾上腺皮质增生、性早熟、皮质醇增多症等；
8、特发性矮小症，就是找不到任何原因的身材矮小；
9、一些慢性的内科疾病，比如慢性肺部疾病，慢性消化系统疾病以及慢性的肾脏疾病等。
