肛内感染HPV6（人乳头瘤病毒6型）时，药物治疗是常见的治疗方式之一。以下是一些常用的、效果较好的药物治疗方法：

一、外用药物

咪喹莫特乳膏

作用机制：咪喹莫特乳膏是一种免疫调节剂，能够诱导细胞毒性T淋巴细胞的活化，从而起到抗病毒的效果。

使用方法：在医生指导下，将乳膏涂抹在疣体处，按照规定的频率和疗程使用。

注意事项：使用过程中应密切关注病情变化，如有不适应及时就医。

鬼臼毒素酊

作用机制：鬼臼毒素酊具有抗病毒和抗肿瘤作用，能够破坏疣体组织，使其脱落。

使用方法：同样是在医生指导下，将药液涂抹在疣体处，注意保持肛门部位的清洁和干燥。

注意事项：避免药液接触正常皮肤，以免引起不适。

干扰素凝胶

作用机制：干扰素凝胶的主要成分为聚乙二醇干扰素α-2b，具有抗病毒作用。

使用方法：将凝胶涂抹在疣体处，按照医生的指示进行使用。

注意事项：部分患者在用药后可能会出现局部烧灼感、红肿等症状，一般停药后会逐渐消失。

二、口服药物

转移因子

作用机制：转移因子能够增强机体对病毒的免疫力，促进病情的恢复。

使用方法：在医生指导下，按照规定的剂量和疗程服用。

注意事项：服用过程中应注意观察身体反应，如有不适应及时就医。

胸腺肽

作用机制：胸腺肽同样具有增强免疫力的作用，能够促进机体对HPV6病毒的清除。

使用方法：同样是在医生指导下服用，注意遵守医嘱。

注意事项：避免与其他药物同时使用，以免发生药物相互作用。

三、中药外敷

对于轻度至中度的肛门HPV6感染，还可以选择中药外敷的方式进行治疗。例如，使用黄连、黄柏等药材，这些药材具有清热解毒的作用，能够辅助消除HPV感染。但请注意，中药外敷应在专业中医的指导下进行，以确保温和效果。

综上所述，肛内感染HPV6时，药物治疗是有效的治疗方式之一。但具体使用哪种药物、如何使用以及治疗疗程等，都需要根据患者的具体病情和医生的建议来确定。同时，患者在治疗过程中应保持良好的生活习惯和心态，积极配合医生的治疗建议，以期早日康复。