肛内感染HPV后，进行肠镜检查时，理论上存在病毒被带入直肠的风险，但实际操作中这种风险极低，且可以通过严格的医疗措施来有效预防。

首先，需要明确的是，HPV（人乳头瘤病毒）主要通过性接触传播，它能够在人体皮肤和黏膜上存活并复制。然而，在体外环境中，HPV病毒的存活时间相对较短，且对热、干燥和大部分消毒剂敏感。这意味着，在医疗环境中，通过严格的消毒措施，可以有效地降低HPV病毒通过医疗器械传播的风险。

肠镜检查作为一种常用的医疗手段，用于观察和诊断肠道内部的情况，对于肠道疾病的早期发现和治疗具有重要意义。在肠镜检查过程中，医生会使用专业的器械和设备，通过肛门进入肠道进行观察。这一过程中，医生会遵循严格的消毒和防护措施，以确保患者的健康。

对于肛内HPV感染者来说，进行肠镜检查时，虽然理论上存在病毒被带入直肠的风险，但实际上这种风险极低。因为现代医疗机构都有严格的感染控制措施，包括使用一次性检查器械、对重复使用的器械进行高温高压灭菌处理、使用润滑剂减少摩擦等，这些措施都有助于降低病毒传播的风险。

此外，患者在接受肠镜检查前，应如实告知医生自己的病情和病史，以便医生能够充分评估患者的身体状况和检查风险，并制定相应的检查方案。同时，患者也应积极配合医生的治疗方案，以控制肛内HPV感染并预防相关并发症的发生。

综上所述，肛内感染HPV后进行肠镜检查，虽然理论上存在病毒被带入直肠的风险，但实际上这种风险极低，且可以通过严格的医疗措施来有效预防。因此，患者不必因此而过度担心或拒绝接受肠镜检查。