男性肛内感染高危型HPV（人乳头瘤病毒）后，病毒是否能自动清除，取决于多种因素，包括患者的免疫力、感染时间、病毒类型以及是否出现相关症状等。

首先，需要明确的是，部分高危型HPV感染在患者免疫力正常的情况下，是有可能自动清除的。这是因为人体免疫系统具有识别和清除外来病原体的能力，包括HPV病毒。然而，这种自动清除的过程并不是一定的，也不是所有高危型HPV感染都能被自动清除。

对于男性肛内感染高危型HPV的情况，如果感染时间较短，且患者免疫力较强，那么病毒有可能在一段时间内被自动清除。这通常需要数月至数年的时间，具体时间因人而异。在此期间，患者可以通过保持良好的生活习惯、合理饮食、充足睡眠、适度运动等方式来提高自身免疫力，有助于病毒的清除。

然而，如果感染时间较长，或者患者免疫力较弱，那么高危型HPV病毒可能无法在人体内自动清除。这时，病毒可能会持续存在，并引发一系列健康问题，如尖锐湿疣、肛门癌等。因此，对于持续感染高危型HPV的患者，建议定期进行复查和监测，以及时发现和处理相关问题。

此外，即使高危型HPV病毒被自动清除，也不能掉以轻心。因为HPV感染具有复发性，特别是在免疫力降低或再次接触病毒时。因此，患者需要在日常生活中注意个人卫生，避免不洁性行为，以减少再次感染的风险。

综上所述，男性肛内感染高危型HPV后，病毒是否能自动清除取决于多种因素。对于感染高危型HPV的患者，建议定期进行复查和监测，并在医生指导下采取必要的治疗措施，以维护自身健康。