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扁平疣与寻常疣虽均由人乳头瘤病毒（HPV）感染引发，但在病毒类型、症状表现、好发部位及病程特点上存在显著差异。
病毒类型是根本区别：扁平疣主要由HPV-3、HPV-10型感染引起，而寻常疣则多由HPV-2、HPV-4、HPV-7型等感染所致。
症状表现上，扁平疣通常为扁平的丘疹，表面光滑，颜色多为淡褐色或肤色，略高于皮肤表面，质地较硬，直径2-5cm，常密集分布，搔抓后可沿抓痕排列成条索状；
寻常疣则表现为质地坚硬、表面粗糙的丘疹，可呈乳头瘤状增生，颜色多为灰黄或污褐色，大小不一，小至芝麻，大至黄豆甚至更大，表面有明显的颗粒状凸起。
好发部位方面，扁平疣好发于面部、手背及前臂等暴露部位；
寻常疣则多见于手指、手背、足缘等处，可发生于身体任何部位，但以手部
为常见。
病程特点上，扁平疣发展相对较慢，部分患者可自愈，甚至突然消失，不留瘢痕；
寻常疣一般发展相对较快，虽具有一定的自限性，多数患者在2-3年内可自行消退，但也可能持续多年不愈，且复发几率较高。
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