毛囊炎自然病程多在1-2周，可自愈，如使用药物干预，则可相应缩短病程，毛囊炎能够治好。毛囊炎治疗时间取决于其严重程度，轻者（单个或多个毛囊炎皮疹）用药后3-5天，重者（伴发热、寒战等全身症状）用药后1周左右，有脓肿形成者还需待脓肿成熟后切开引流，愈合时间会相应延长。故毛囊炎的具体治疗时间需要视情况而定。毛囊炎虽然可以自愈，但仍建议进行治疗，可缩短病程，早期的治疗费用也较为低廉，如感染扩散或加重，产生全身症状或形成脓肿，则需要口服药物或手术治疗，不但身体难受，治疗费用也会增加。孢子菌毛囊炎是糠秕孢子菌（也叫马拉色菌）感染毛囊引起的炎症，其药物治疗方式多样，各异，且易反复发作，所需治疗时间通常以月为单位计算，不论多久，都应积极、坚持治疗。
值得注意的是，瘢痕体质者患毛囊炎后容易形成瘢痕疙瘩，常见于胸骨区，瘢痕疙瘩不能自然消退，也无法完全。瘢痕疙瘩一般通过局部药物注射、放射线、激光等治疗，治疗时间需要数月甚至数年，只能使其逐渐缩小、变平，不能完全消退，单纯手术切除后容易复发。毛囊炎是细菌感染后的化脓性炎，应避免挤压、搔抓，否则感染容易扩散，毛囊炎化脓时不挤并外用抗生素治疗即可治好，若局部脓肿形成，切忌挤压，需要由医生切开引流才能好转。
