三叉神经痛手术后疼痛依然存在的原因需要具体分析，可能每一个病人遇到的情况不一样，三叉神经分成三支，每一支所管的区域不一样：额支主要分布在前额部位；第二支主要是分布在上颌位置；第三支是分布在下颌位置。每一区域的疼痛相对应三叉神经受累的手术方法不一样。
三叉神经射频和球囊压迫手术所能的是三叉神经的第二支和第三支。而针对于三叉神经的支，如果进行三叉神经射频热凝术，可能会造成眼睑溃疡、角膜溃疡，造成视力下降，所以一般不采用周围支破坏的方法。三叉神经痛手术之后会出现疼痛仍然存在主要是因为手术方式选择不一样。
另外三叉神经微血管减压手术，可以三叉神经痛不局限于二、三支，它可以做到一、二、三支同时治疗。但是即使做了三叉神经的显微血管减压手术，仍然有5%左右的病人术后仍然存在疼痛。这是因为三叉神经的压迫解除之后，神经变性并不能够及时恢复，可能需要一段时间来慢慢自我愈合、自我修复。
