三叉神经痛可并发脑神经损伤，如面部轻瘫。

相当一部分三叉神经痛患者经常摩擦同一侧以减轻疼痛。随着时间的推移，面部皮肤变得粗糙、增厚和眉毛脱落。少数患者有跳动和抽搐，还伴有面部潮红、流泪、流鼻涕、出汗、高血压等疾病。

三叉神经痛可并发半侧面部痉挛。对于非典型疼痛患者，手术治疗无效，有时会导致抑郁。不典型的面部疼痛也可能发生在三叉神经支配区，但疼痛的性质不同于三叉神经痛。每次发作的持续时间总是超过几秒钟，通常是几分钟或持续疼痛。疼痛本身是钝性、挤压性或灼烧性的。

三叉神经痛可并发面部感觉障碍，大多数患者在治疗后会有不同程度的面部感觉障碍。Menzel在总结的315例中，治疗后约为93例.1%;患者面部有不同程度的麻木或烧灼感。

三叉神经痛可并发性角膜炎。半月神经节热凝的严重并发症之一是角膜反射消失。严重者可引起麻痹性角膜炎，终导致失明。有些角膜反射消失需要几个月才能逐渐恢复。

三叉神经痛可并发颅内出血。半月神经节内侧靠近海绵窦和颈内动脉。如果穿刺不慎或卵圆孔过深，容易损伤出血。严重者可形成颅内血肿。

三叉神经痛可并发性颅内感染，严格的无菌操作可防止颅内继发感染。但如果反复穿刺穿刺针穿破颊粘膜，将口腔细菌带入颅内，就会引起颅内感染。