软疣和扁平疣是两种由不同病毒引起的病毒性皮肤病，它们在病因、临床表现、好发部位及治疗方法等方面存在区别，具体如下：

病因

软疣：由传染性软疣病毒（MCV）感染引起，属于痘病毒科。

扁平疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染所致，HPV有多种亚型，扁平疣主要由HPV-3、HPV-10等亚型引起。

临床表现

软疣：典型皮损为直径2～5毫米的半球形丘疹，呈灰色或珍珠色，表面有蜡样光泽，中央有脐凹，内含乳白色干酪样物质，即软疣小体。

扁平疣：皮损多为米粒至黄豆大小的扁平隆起性丘疹，圆形或椭圆形，表面光滑，质硬，正常肤色或淡褐色，数目较多，常密集分布，可因搔抓而自体接种，沿抓痕呈串珠状排列。

好发部位

软疣：好发于儿童及青少年的颈部、躯干、上肢、阴囊等部位，成人的隐私部位及肛周部位也较为常见。

扁平疣：好发于青少年的面部、手背及前臂等部位。

治疗方法

软疣：主要采用疣体夹除术，这是一种简单有效的方法，也可采用激光、冷冻等物理方法去除疣体。

扁平疣：可外用维A酸类药物、水杨酸等，也可采用激光、冷冻等物理治疗。对于数目较多或久治不愈者，可口服免疫调节剂等进行全身治疗。