眼睑位于眼球的前方，构成保护眼球的屏障，睫毛、睑缘的油脂样分泌物及睑的瞬目反射可以阻挡异物进入眼内，同时眼睑皮肤含有抗菌物质，睑腺的分泌参与泪膜形成，也有抗菌作用。
泪液当病原体进入结膜囊后，泪液可以稀释冲洗清除病原体，同时泪液中的溶菌酶乳铁蛋白、免疫球蛋白及补体等可抑菌杀菌。
结膜结膜组织中的血管及淋巴管发育状况与全身免疫系统有关，结膜中含有淋巴细胞、浆细胞、中性粒细胞及肥大细胞在局部免疫反应中起作用，同时杯状细胞分泌的泪液也参与免疫反应。
角膜无血管无淋巴管，是免疫反应的赦免组织；同时上皮完整，功能健全，外界物质不易侵入，角膜上皮层有郎格罕细胞，实质层有游走的吞噬细胞，它们均起着防御和免疫作用。
房水由于血－房水屏障，使房水内免疫球蛋白含量少，循环缓慢，免疫反应弱。
晶体是第二个丰富的蛋白组织，本身不发生任何炎症反应，其内包含多种抗原成份如同是一个免疫源基地，能诱发特异性免疫反应。
葡萄膜含有丰富的血管及海绵样血管床，是免疫复合物易于沉积的部位，同时丰富的淋巴细胞、肥大细胞和吞噬细胞在此参与免疫反应，故是眼球免疫反应的中心部位。
玻璃体是以水份为主的胶状组织，含有微量的蛋白质和细胞成份，具有一定的吞噬能力，进入玻璃体内的抗原可长时间储存，延长眼内的免疫反应，但在此处的免疫反应较弱。
视网膜由于血－视网膜屏障，一般情况下抗原不易进入，视网膜内不含有免疫活性细胞，故视网膜几乎不发生免疫反应，但视网膜外层与脉络膜关系密切，所以脉络膜的炎症反应可以影响视网膜的发病。
视神经主要是视神经纤维、胶质组织和血管及结缔组织等构成，其免疫反应是以细胞免疫反应为主。
眼眶是眼球周围的软组织，血流丰富故可通过血管系统发生免疫反应，同时泪腺是淋巴细胞丰富的组织，也可发生自身免疫性疾病。
