激光和电灼：适用于多数的临床情况，具有准确定位，对周围正常组织损伤小。治疗深度需要熟练的操作者控制，伤口深愈合慢，尤其在外部位，伤口易出血和感染，容易出烟雾引起空气污染和医源性感染，所以需要严格的个人防护。所以对于疣体之间距离比较近、数量非常多，巨大疣体等不太适用。微波治疗：也适用于多数的临床情况，具有准确定位，对周围正常组织损伤小，不出血和复发率低，无烟雾，无空气污染。治疗深度需要熟练的操作者控制，伤口需预防感染。巨大疣体不太适用。冷冻适用于单发、小的病损、扁平型的临床类型。易复发，有时在病灶周围形成自体种植。光动力：适用于粘膜、皮肤组织薄嫩处如尿道口、阴道壁、外阴等，优点是、有效、复发率低（可清除亚临床感染）、无疼痛或轻微患者耐受性好。杀伤深度较浅，根据治疗部位的不同，有些可能在治疗区域出现局部的水肿、炎症，因此可能会造成某些身体上的不适。药物：足叶草脂等具有一定腐蚀性，需要保护好周围正常组织，否则易形成周围正常组织的种植。不太适合粘膜疣的应用。疣不好辨认的，不宜患者自行用药。
