一、药物治疗
子宫内膜异位症，药物治疗主要是激素。因为异位内膜对卵巢内分泌有反应，所以采用性激素治疗已成为本病的重要治疗方法。性激素治疗主要是抑制排卵或引起闭经，使异位内膜发生退行性变，继而坏死、吸收。经过性激素泊疗后约有85%的病人的症状可缓解，也有的病人经治疗后妊娠。但性激素类药物如常有不同程度的副反应，如食欲减退、恶心、肝功能不正常等，停药后可以消失。也有些病人长期使用后，不够稳定，且停药后容易复发。因此性激素治疗应当在医生指导下应用。
二、放射治疗
子宫内膜异位症，虽然放疗用于子宫内膜异位症已有多年历史，但应用多种药物及手术达到很高，一般不破坏卵巢功能，而放射治疗子宫内膜异位症的作用，在于破坏卵巢组织，从而消除卵巢激素的影响，使异位的内膜萎缩，达到治疗的目的。放射线对异位的内膜破坏作用并不明显，但对既不能耐受激素治疗又因病灶位于肠道、泌尿道及广泛盆腔粘连，尤其是合并心、肺或肾等严重疾病，本人又十分惧怕手术的个别患者，也可采用体外放疗，破坏卵巢功能，达到治疗目的。即便个别接受放疗者，必需先明确诊断，特别是不能将恶性卵巢肿瘤误诊为子宫内膜囊肿，以至错治而耽误正确治疗。
三、手术治疗
子宫内膜异位症，经药物治疗无效，卵巢形成较大的囊肿（内膜异位）、盆腔病变严重或症状严重者，应考虑手术治疗。手术可分为保守性、性和半保守性3种：①保守性手术：主要是切除患侧卵巢或剥除卵巢内膜异位囊肿，分离盆腔粘连，清除盆腔病灶，保留生育机能。这种手术多用在年轻和要求生育的病人。②性手术：包括全子宫、双附件及盆腔病灶切除。主要用在年龄较大的近绝经期的病人后半保守性手术；就是切除子宫或子宫病灶，切除盆腔病灶，保留一侧或双侧卵巢。保守性或半保守性手术因为保留了卵巢，所以病变可能复发，甚至要再次手术。这些病人通常在保守性手术后，要用性激素治疗一段时间。
