子宫闭经：子宫内膜对激素反应不良或反应低下。常见于子宫内膜结核和子宫内膜损伤（如刮宫后子宫内股不再生）、子宫内膜粘连及发育不良等。即使通过人工激素调节(人工周期)，子宫内膜也不会脱落出血。

卵巢闭经：主要由卵巢疾病引起。由于雌激素水平低，不能促进先天性卵巢发育不良、卵巢早衰、无反应性卵巢等子宫内膜生长。这些人体雌激素水平低，但促性腺激素正常或高，可用于人工周期治疗。

垂体闭经：闭经与垂体功能不足有关，可见于颅脑损伤、席汉氏综合征、颅脑放射治疗等。

下丘脑闭经：问题在于下丘脑，可由炎症、肿瘤、缺血等神经系统器质性疾病引起，也可由精神因素、环境变化、全身疾病、营养不良和药物影响引起。