是指可在人类肠道内繁殖且不具致病性，反而对人类健康有所助益的细菌。此类细菌通常为乳酸杆菌或分支杆菌等可发酵乳糖之细菌。他们能够在肠道内排挤坏菌，来建立起健康的消化环境。
婴儿的肠道本来是无菌的，从出生之后，经由饮食，肠道开始建立起这个细菌王国，连母乳里面也有益生菌的存在，这些菌不但帮助消化食物，还控制我们所吸收的卡路里，并提供重要的消化酶、维他命A和维他命K。
目前市面上普遍存在许多益生菌的迷思。以为含有乳酸菌的产品就是益生菌。就对人体健康有益无害。所以世界卫生组织WHO将「益生菌」定义为「当进食足够份量时对人体健康有益处的活微生物」，并订立了多项严格的标准。也就是说，不是乳酸菌就可以自称是益生菌。
口服补充益生菌有用吗？
如果认真地想要以科学论证的角度来看口服补充益生菌的好处，那我们会惊讶地发现，科学家目前其实还没有定论。但这个商业化的产品已经被过度的宣扬疗效了！本来益生菌是一个科学概念，但实际上来说却有以下几个问题：
菌种
因为益生菌的菌种很多，科学家还无法提出确切的证据来证明是哪一种益生菌能带来好处。菌种更不是多就有效，因为菌种之间会因为许多微妙的因素而产生排挤与竞争，相互抵销功效。有时单一种菌种有效，加了其他的菌种反而无效。
如何抵达肠道
胆汁与胃酸的目的都是杀菌，益生菌要如何通过而到达肠道？就算能通过，实际抵达的数量，可能无法达到改变菌丛生态的目的了。
持续性
既然目的是要改变菌丛的生态，必须要长期服用，不断地补充。如果饮食习惯不佳，只是不停补充益生菌，恐怕流失的速度会快过于补充。而且如果只是补充益生菌而没有提供益生质，（是食物中一种不易消化的成分，可刺激消化系统中益生菌的成长或活化，像是菊糖和果寡糖）益生菌还是无法长久存在。
这些口服的益生菌，不论是做成饮品或是粉末状，都有很多问题需要克服。因为所有菌种都需要是活性的，在包装保存与运送过程中，活菌的数量都可能与厂商宣称的有差异。同时，虽然有保存期限，但菌数是会随着时间而递减，因此越新鲜所含的活菌会越多。
