小儿麻痹症初起时与伤风感冒相类似，故不易相鉴别应沟通结合，流行病史预防接种史发病季节详细询问，如见双峰热汗多，嗜睡，头痛，恶心，呕吐，咽痛等应疑为本病，本病尚应与痹证作鉴别，痹证多发生在冬春季，虽有发热关节肿痛活动障碍但无瘫痪。
实验室检查主要脑脊液细胞数大多增加(亦可满意正常);进行病毒分离及血清学周日检查均具有诊断现象意义。
需与以下各病鉴别：
(1)若在出生后或生后不久即有神经系统异常，肢体瘫痪，发病原因可以排除小儿麻痹症，应考虑是先天性、遗传性疾病，如脑缺氧、脑或臂丛产伤等。
(2)若症状发生于6岁以后，则有可能是因为脊柱结核、进行性肌营养不良或椎管内肿瘤等引起的。
(3)若有肌张力增高、腱反射亢进、踝阵挛、病理性反射阳性时，即可排除小儿麻痹症，而可能是上神经元损害所致，包括各种类型的脑炎、脑膜炎、脑或脊髓损伤、肿瘤等。
(4)若病症呈持续逐渐加重，则应考虑其他疾病，如肿瘤、结核、肌营养不良等。而小儿麻痹症是呈现逐渐好转的。
(5)若合并有感觉障碍、小便失禁，则应考虑到椎管内占位性病变、马尾及周围神经损伤，其特点是感觉与运动神经混合伤。所以臀部注射性坐骨神经伤应与小儿麻痹症鉴别;
(6)与感冒相鉴别
小儿脊髓灰质炎是由脊髓灰质炎病毒引起的急性传染病。多发生于儿童，尤其好发于5岁以下小儿。起病可缓可急，主要表现为发热，一般在38℃～39 ℃之间，伴多汗，并有咳嗽、流涕等上呼吸道炎症现象，经过2～3天体温可恢复正常。1～6天后，再次发热，与第一次发热形成两次发热高峰，即“双相热型”。
这是脊髓灰质炎发热的特殊热型，凭此可与感冒相鉴别。随后，逐渐出现肌肉疼痛、知觉过敏、项背强直，以至出现肢体瘫痪等典型症状;
(7)与流行性乙型脑炎相鉴别
流行性乙型脑炎多发于夏秋季，起病急，常伴神志障碍。周围血和脑脊液中均以中性粒细胞增多为主，应与小儿麻痹症相鉴别;
(8)柯萨奇、埃可病毒感染等病毒引起的感染都有可能引起轻度瘫痪，若合并有伴胸痛、皮疹等典型症状者，有助于诊断，确诊则需要进行病毒分离及血清学检查。
(9)与周围神经炎相鉴别
脑脊液无变化。周围神经炎可能由白喉后神经炎、肌肉注射损伤、铅中毒、维生素B1缺乏、带状疱疹感染等引起。
(10)与感染性多发性神经根炎(格林-贝尔综合症)相鉴别
感染性多发性神经根炎多发于年长儿，散发起病，无发烧症状或者是低热，伴轻度上呼吸道炎症状，逐渐出现弛缓性瘫痪，呈上行性、对称性，常伴感觉障碍。脑脊液有蛋白质增高而细胞少为其特点。瘫痪恢复较快而完全，少有后遗症。
(11)与家族性周期性瘫痪相鉴别
该病较为少见，无发热症状，常突发瘫痪，对称性，进行迅速，可遍及全身。发作时血钾低，补钾后迅速恢复，但可复发，常有家族史。
