在许多基因改良品种中包含有从杆菌中提取出来的细菌基因,这种基因会产生一种对昆虫和害虫有毒的蛋白质。在一次实验室研究中,一种蝴蝶的幼虫在吃了含杆菌基因的马利筋属植物的花粉之后,产生了死亡或不正常发育的现象,这引起了生态学家们的另一种担心,那些不在改良范围之内的其它物种有可能成为改良物种的受害者。
生物学家们担心为了培养一些更具优良特性,比如说具有更强的抗病虫害能力和抗旱能力等,而对农作物进行的改良,其特性很可能会通过花粉等媒介传播给野生物种。
并且农作物的抗农药基因有可能通过花粉传给其他妨碍农作物生长的野草,这可导致除草剂的滥用,引起土壤板结,土质变坏,加重环境污染。转基因抗虫作物产生的杀虫物质,如果把害虫都杀死了,必然破坏自然界固有的食物链,打破生态平衡,对生态系统产生不利影响,最终影响到人类自身。